Le monde de Final Fantasy XI est connu sous le nom de Vana'diel. Il est composé de deux continents principaux ainsi que de deux îles plus mineures les côtoyant, qui sont elles-mêmes entourés d'îlots. Il possède des climats variés, allant des glaciers nordiques jusqu'aux déserts. Les quatre villes principales à Vana'diel sont Bastok, San d'Oria, Windurst et Jeuno. L'extension Treasures of Aht Urhgan a ajouté la vaste cité de Aht Urhgan Whitegate/Al Zahbi. Le reste de Vana'diel est composé d'un certain nombre de zones de plein air, de donjons et de villes mineures réparties sur des régions variées. Tandis que la plupart des zones sont accessibles en marchant, des moyens de locomotion variés allant des désormais classiques dans les Final Fantasy, Chocobos et aéronefs jusqu'aux sorts spéciaux facilitant les mouvements au travers du monde.

Les cinq races jouables dans Final Fantasy XI sont les Elvaans, de forts combattants physiques, soigneurs acceptables mais faibles en magie noire ; les Humes, une race ressemblant aux humains, sans atouts ou faiblesses notables ; les Galkas, une race sans sexe, forts et imposants, mais faibles en magie ; les Mithras, mi femmes-mi chats, agiles et habiles, mais physiquement faibles, uniquement jouable en personnage féminin et les Tarutarus, des petits êtres avec une incroyable maîtrise de la magie noire, mais très faibles physiquement. En plus des races jouables, il y a deux races principales non jouables, les Zilart, une ancienne race qui est le centre d'intérêt des deux premières extensions, et les Kuluu, une race d'être semblables aux Zilart et considérée comme inférieure à eux. Il y a également une énorme distribution de NPCs donnant des quêtes ou des missions qui apparaissent dans l'histoire du jeu. Le jeu met en scène plusieurs monstres récurrents dans les Final Fantasy ainsi que les Beastmen, qui comportent des races telles que les Goblins, les Orcs, les Yagudos et les Quadavs. Certaines de ces créatures obéissent au Shadow Lord, une des origines des conflits du jeu.

Il y a huit scénarios majeurs dans Final Fantasy XI, dont les histoires des trois nations (San d'Oria, Bastok et Windurst), les trois extensions (Rise of the Zilart, Chains of Promathia et Treasures of Aht Urhgan) ainsi que les deux sets de Dynamis. Les scénarios des Dynamis sont uniques dans le sens où l'histoire progresse lorsque le joueur triomphe de zones spéciales de Dynamis, et non pas en complétant des missions comme pour les autres scénarios du jeu (bien que la nature du scénario des Dynamis implique que le joueur ait dû avancer jusqu'à un certain point dans les autres scénarios pour le débuter). Il y a également de nombreuses sous-intrigues que les joueurs peuvent découvrir en résolvant les centaines de quêtes disponibles dans le jeu.