L'histoire de Final Fantasy XII débute dans la Cité Royale de Rabanastre, capitale du royaume de Dalmasca, où l'on célèbre avec une joie immense le mariage de la Princesse Ashe, héritière du trône de Dalmasca, avec le Prince Rassler, héritier du trône de Nabradia. La liesse est vite interrompue par l'invasion inattendue de Dalmasca par l'Empire d'Archadia. Dans la guerre qui suit, Nabradia et Dalmasca ne tardent pas à être envahies et annexées par Archadia. La guerre cause d'innombrables morts, parmi lesquels le Prince Rasler. Le Roi de Dalmasca, Raminas, qui est contraint de signer la capitulation de son royaume, est quant à lui assassinéc 1. La tentative de sauvetage du Roi, orchestrée par les Chevaliers Dalmascans échoue lorsque Basch, l'un de ses plus valeureux membres, assassine Raminas ainsi que Reks, un jeune soldat de 17 ans qui accompagnait les Chevaliers. La trahison de Basch, ainsi que le suicide présumé de la princesse (elle a brusquement disparu) sont annoncés par le Marquis Ondorec 2.

Deux ans plus tard, Vaan, le frère cadet de Reks, s'infiltre dans le Palais de Rabanastre durant le dîner organisé en l'honneur de Vayne, qui vient d'être nommé Consul de Dalmasca. Il met la main sur une précieuse pierre, le Magilithe de la Déesse. Il fait la rencontre de Balthier, un pirate du ciel, et de sa partenaire Fran, qui lui apprennent l'existence des magilithes. Leur fuite du palais tourne mal lorsque, dans les Égouts de Garamsythe, ils tombent nez-à-nez avec Amalia, la jeune femme qui dirige la Résistance. Mais Vaan, Balthier et Fran ne tardent pas à se faire capturer par l'Empire et sont envoyés dans le Donjon de Nalbina pour y être emprisonnés. En s'évadant par les cachots souterrains, ils font la connaissance de Basch, emprisonné en ce lieu depuis deux ans, qui leur apprend l'existence de son frère jumeau, qui n'est autre que le Haut-Juge Gabranth. Ils finissent par tous s'échapper de ces cachots. Basch peut alors expliquer à Vaan que Gabranth a pris sa place afin d'exercer un chantage sur le Marquis Ondore. Reks n'était qu'un témoin gênant qu'il fallait éliminerc 3. Sceptique au début, Vaan finit par le croirec 4. Ils apprennent entretemps la disparition de Penelo, enlevée par un chasseur de primes, Ba'Gamnan, qui l'utilise comme appât afin de capturer Balthier. Avec l'aide de Balthier et de Fran, ils rejoignent Bhujerba, où Penelo est détenue. Ils rencontrent un mystérieux garçon prénommé Lamont, qui n'est autre que le frère cadet de Vayne, Larsa, qui les accompagne dans les Mines de Lhusu où Penelo serait détenuec 5. Le passage de Basch à Bhujerba crée des remous, si bien que les héros sont capturés par le Marquis et envoyés à bord du vaisseau impérial Léviathan, commandé par le Juge Ghis. Celui-ci s'empare du Magilithe de la Déesse, qui s'avère en fait être l'Éclat du Crépuscule, afin de l'envoyer à Archadia.

À bord du Léviathan, l'équipe est rejointe par Amalia, qui n'est autre que la Princesse Ashec 6 ; et Penelo, qui a été secourue par Larsa. Ils parviennent à s'échapper du vaisseau et rejoignent Bhujerba afin de rencontrer le Marquis Ondore, qui est aussi l'oncle de Ashe, mais celle-ci ne peut prouver son appartenance à la lignée royalec 7, condition sine qua non pour avoir une chance de restaurer son royaume. Guidée par des visions dans lesquelles elle voit son défunt époux, le Prince Raslerc 8, elle se résout à partir à la recherche des reliques de Raithwall, le Roi-Dynaste, afin de pouvoir prouver ses origines royalesc 9. L'équipe part donc en direction de l'ouest et arrive au Tombeau de Raithwall, où repose l'Éclat de l'Aube, un magilithe aux propriétés spéciales, puisqu'il s'agit en fait d'un nihilithe divin, un artefact absorbant le myste fabriqué des mains-mêmes des Dieux. Ghis met la main sur l'Éclat de l'Aube et tente de l'utiliser à son profit mais la puissance de la pierre provoque la destruction du Léviathan et de toute la Huitième Flotte Impériale. Les héros parviennent cependant à s'échapper de justesse. L’Éclat de l'Aube étant désormais vidé de tout pouvoir, Ashe part sur les conseils de Larsa, cherchant toujours à comprendre les nihilithes, à la rencontre du Grand Pontife Anastasis, vivant au Sanctuaire de Bur-Omisace, afin que celui-ci la reconnaisse en tant que Reine de Dalmasca et puisse permettre la restauration de Dalmasca, ce qui permettrait d'amener la paix en Ivalicec 10. L'équipe au grand complet se met en route. Afin de continuer leur route, ils devront venir en aide aux viéras de la jungle de Golmore, plus particulièrement Mjrn, la sœur de Fran, qui est possédée par un nihilithe artificiel, et lui sauvent la vie.

L'équipe apprend bientôt que la guerre n'est pas le souhait de tous en Ivalicec 11. Larsa, qui a enquêté sur les liens existant entre Vayne et les nihilithes artificielsc 12, a pris contact avec Al-Cid Margrace, un membre éminent de la famille impériale de Rozarria afin de les amener à faire la paix. Malheureusement, tous ces espoirs de paix sont balayés avec la mort soudaine de l'Empereur Gramis d'Archadia, qui aurait été assassiné par un membre du Sénat impérial, Gregorothc 13,c 14. Sur les conseils du Grand Pontife, Ashe part pour le Temple de Miliam où elle met la main sur l’Épée des Rois, une lame capable de détruire les nihilithes. Alors qu'elle obtient l'épée dans le temple de Miliam, le Grand Pontife est assassiné par le Juge Bergan et Larsa est rapatrié à Archadia. L'équipe se heurte à Bergan, et après ce combat, le groupe commence un long périple à pied en direction d'Archadès, où se trouve le Laboratoire Draklor. Au sein de ce laboratoire sont fabriqués les nihilithes artificiels, fruits des recherches effectuées par le Docteur Cid. Sur place, ils rencontrent Reddas, un pirate venant de Port Balfonheim. Ils sont ensuite confrontés au D^r Cid, qui réussit à s'échapper, mais qui laisse cependant des indices derrière lui qui mènent Ashe, Vaan, Balthier, Fran, Basch et Penelo à Gilvéganec 15, la Cité perdue dans laquelle se trouverait le Criste Solaire, source des nihilithes divinsc 16. L'équipe explore la Cité perdue, mais seule Ashe parvient à rencontrer en personne les Occuria, créateurs du Criste Solaire, qui lui révèlent l'emplacement du Criste Solaire et lui offrent l'Epée du Pacte, qui permet de tailler de nouveaux éclats de nihilite divinc 17. Ashe devient ainsi l'« agent » des Occuria, qui l'exaltent à sauver Dalmasca et à se venger de l'Empirec 18.

La force extraordinaire de l'Empire Archadien, mené par Vayne, provenait en réalité des recherches effectuées sur les nihilithes par le D^r Cid, sous l'influence d'un hérétique Occuria, Venatc 19. Vayne cherche ainsi à devenir le nouveau Roi-Dynaste en utilisant les nihilithes artificiels afin de devenir le maître de tout Ivalicec 20. Le D^r Cid (Cidolfus Demen Bunansa), qui s'avère être le père de Balthier, est devenu pour ainsi dire obsédé par les nihilithes et leurs pouvoirs depuis sa visite de Gilvégane et sa rencontre avec Venatc 21. L'expansion de l'Empire, qui a mené à la destruction de Nabudis et à l'invasion de Dalmasca, a été orchestrée afin d'obtenir et d'étudier les reliques royales - les nihilithes divinsc 22. L'un de ces nihilithes se trouvait à Nabudis, il s'agissait de l'Éclat de la Nuit. Il fut utilisé par le Haut-Juge Zecht, ce qui causa la destruction totale de la cité. Gabranth arrive pendant ce temps à Gilvégane afin de s'assurer des intentions de la princesse, qu'il pense être belliqueuses. Les indices donnés par les Occurias quant à la localisation du Criste-Solaire amènent Ashe et ses amis au lointain Phare de Ridorana, avec l'aide de Reddas. Ashe est désormais résolue à détruire le Criste-Solairec 23 et se défait de Gabranth, qui avoue avoir assassiné son pèrec 24, et de Cid, qui avant de mourir provoque une réaction au sein du Criste-Solaire qui commence à s'emballer. Reddas, (qui est en fait l'ancien Haut-Juge Zecht) rongé par la culpabilité pour avoir causé la destruction de Nabudis, utilise l'Épée des Rois sur le Criste-Solaire, provoquant sa destruction au prix de sa propre viec 25.

Ashe apprend ensuite de la bouche d'Al-Cid qu'une guerre entre Archadia et la Résistance, menée par le Marquis Ondore, est sur le point de se dérouler : le champ de bataille n'est autre que Rabanastre. De plus, l'Empire de Rozarria est personnellement impliqué dans cette affaire. En effet, une escarmouche a eu lieu dans l'espace aérien de Nabradia, opposant l'Empire à un petit groupe de Résistants, en fait composé de soldats de l'Empire de Rozarriac 26. Cette situation très instable pourrait mener à une guerre généraliséec 27. En vue des combats à venir, l'Empire a fait venir le Bahamut, immense forteresse volante gorgée des pouvoirs provenant du Criste-Solaire. La forteresse volante stationne au-dessus de Rabanastre. Ashe, Vaan, Penelo, Balthier, Fran et Basch réussissent à s'infiltrer dans le Bahamut grâce à l'aide de la Résistance. Basch y retrouve son frère jumeau, Gabranth, de son vrai nom Noah Fon Ronsenburg, qui voue toujours à Basch une haine intense, mais qui reste décontenancé par sa loyautéc 28. L'équipe rencontre aussi Vayne et Larsa, ce dernier désapprouve les méthodes employées par son frèrec 29. Pour le combat final, Larsa et Gabranth s'allient à Ashe afin de vaincre Vayne et Venat. La guerre se termine enfin avec une déclaration prononcée par Ashe, enjoignant aux belligérants de cesser les hostilitésc 30. Larsa prend de son côté le commandement de l'Armée Impérialec 31. Le Bahamut, vidé de tout pouvoir, menace de s'écraser sur Rabanastre. Vaan, Penelo, Basch, Ashe et Larsa réussissent à s'échapper. Balthier et Fran restent à bord afin de réparer le système de propulsion du vaisseau, ce qui permet d'éviter au Bahamut de s'écraser sur la cité. Cependant, le contact est perdu avec eux.

Un an plus tard, Ashe est devenue Reine de Dalmasca. Son couronnement est sur le point de se dérouler. Basch a pris la place de Gabranth en tant que Haut-Juge, honorant le dernier souhait de son frère jumeau, devenant ainsi le protecteur du nouvel Empereur d'Archadia, Larsac 32. Vaan est devenu un pirate du ciel possédant son propre vaisseau, accompagné par Penelo. On apprend que Balthier et Fran sont venus récupérer le Sillage. Ils laissent un message à Vaan incluant un mot destiné à la Reine Ashe ainsi que son alliance, que celle-ci avait donné à Balthier auparavant. Le mot est ensuite transmis à la Reine. Enfin, le jeu se termine sur Vaan et Penelo, s'envolant à bord de leur vaisseau afin de rencontrer Balthier et Fran, qui leur ont donné rendez-vous à Bervéniac 33.